Klimaerwärmung und Entstehung der Moore
Die erneute Klimaerwärmung am Ende der Würm-Kaltzeit vor etwa 11.500 Jahren läutete schließlich die geologische Gegenwart ein, das Holozän. Auch in dieser jüngsten Phase der Erdgeschichte wurde und wird die Landschaft des Wittelsbacher Landes auf natürliche Weise umgestaltet, wenn auch weniger drastisch als im Eiszeitalter. Der Lech, wie auch die übrigen Gewässer im Wittelsbacher Land tieften sich weiter ein und lagerten Schotter und Auensedimente in ihren Talräumen ab und um.
Wo kalkreiches Grundwasser an die Oberfläche trat, wie im Lechtal bei Stätzling, ließen Kalkausfällungen Sinterkalksteine (Kalktuff) oder lockere, weiße Almerde entstehen. In grundwassernahen oder feuchten Geländesenken bildeten sich Moore mit ihren Torfablagerungen, wie das Roßmoos bei Inchenhofen. Im Donaumoos entstand das größte bayerische Niedermoor. In Folge der dauerhaften Erwärmung entwickelten sich unter der zunehmenden Vegetationsdecke allerorts tiefgründige Verwitterungsböden.
Wandel der Flora und Fauna
Viele Pflanzenarten kehrten aus ihren Refugien südlich der Alpen ins Wittelsbacher Land zurück. Zu den ersten Besiedlern der noch jungen Böden gehörten Birken und Kiefern. Auf fruchtbareren Böden und bei zunehmender Erwärmung veränderte sich die Vegetation zu Gunsten der Hasel und später hin zu Laubwäldern aus Eiche und Hainbuche. Erst eine erneute leichte Abkühlung schaffte die Voraussetzungen dafür, dass die Buche in unseren Breiten zur Vorherrschaft gelangte.
Auch die kaltzeitliche Fauna wurde zunehmend durch andere Arten verdrängt, die besser an die nunmehr waldgeprägte Landschaft angepasst waren, darunter Hirsche, Rehe und Wildschweine.